Luego de vivir su infancia en
Cali, se desplazó a
Popayán para realizar sus estudios secundarios y la carrera de Derecho en la
Universidad del Cauca, graduándose de abogado en
1831. Desde entonces empezó a moverse en los círculos políticos de su provincia, del lado del partido de los retrógrados, a cuyo nombre llegó a la Cámara de Representantes en
1836 y participando en la fundación del partido de los ministeriales (unión de retrógrados y santanderistas disidentes) del que surgió después el partido conservador. Posteriormente ocuparía un escaño en el
Senado y las gobernaciones de las provincias de Popayán y
Buenaventura. Sus buenos oficios como líder regional del naciente conservatismo fueron recompensados por el Presidente
Tomás Cipriano de Mosquera, quien le nombró secretario de Relaciones Exteriores en
1846, ejerciendo hasta
1847.
Placa conmemorativa al vicepresidente Manuel M. Mallarino, en su casa natal en
Santiago de Cali.
Tras la llegada del
liberalismo al poder en
1849, en un momento de máxima tensión y polarización partidista, Mallarino decide viajar fuera del país, para establecerse en
Lima,
Perú; regresa a Nueva Granada sólo hasta
1854, para apoyar a la coalición bipartita que deseaba derrocar al dictador
José María Melo.
Restablecido el orden institucional en la persona del vicepresidente
José de Obaldíacomo nuevo presidente, debido a la destitución del Presidente
José María Obandopor el Congreso Nacional, se debía elegir un nuevo vicepresidente para terminar el periodo constitucional correspondiente a Obaldía. El ex canciller Mallarino fue propuesto como candidato de unión nacional por
Carlos Holguín Mallarino a nombre del partido Conservador y
Manuel Murillo Toro del partido Liberal y se posesionó el
1º de abril de
1855, fecha en la cual asumió también la presidencia de la república porque el Congreso halló culpable a Obaldía del derrocamiento del presidente Obando y le interrumpieron su periodo presidencial. Hubo entonces la necesidad de elegir designado presidencial, posición para la cual fue aclamado el general
Joaquín París Ricaurte, una de las figuras del ejército que depuso a Melo. Durante su mandato, de acuerdo al pacto entre Holguín y Murillo, el gabinete fue paritario, mitad liberal, mitad conservador, lo que permitió que se diera el caso excepcional de que fue respaldado por todos los sectores de la política nacional, a tal punto de que le fue posible al mandatario reducir el ejército a menos de 400 soldados.
Tras retirarse de la Presidencia se dedicó principalmente a la docencia y el periodismo, si bien ocupó de nueva la secretaría de Relaciones Exteriores en
1861 y fue postulado a la presidencia en
1872. En este mismo año, fue uno de los miembros fundadores de la
Academia Colombiana de la Lengua.